確定申告の時期、真っただ中ですね。

令和７年に非上場企業の株式を譲渡し、その譲渡に係る確定申告を予定されている方もいらっしゃるのではないでしょうか。

非上場企業の株式譲渡に際して、予想外に苦労する点が、
「株式の取得価額」となります。

まずは前提となる取得価額（取得費）の考え方を確認したいと思います。

例えば、以下のケースがあるとします。
・先代が一株100円で会社設立
・株価が一株1,000円のタイミングで先代から後継者へ株式贈与（贈与税支払）
・株価が一株10,000円のタイミングで後継者が他人に株式譲渡

この際、この株式譲渡に係る株式の取得価額はいくらになるかがポイントとなります。
※10,000円△取得価額が譲渡益となり、その譲渡益に税金が課せられます。

では質問です。以下の選択肢の内、所得税の取得価額として使用する数値はどれでしょうか？
ⅰ：100円
ⅱ：1,000円
ⅲ：500円

今回のケースではⅲの500円が正解となります。

通常の感覚であれば、ⅱの1,000円を取得価額に出来ると考える方も多いと思いますが、
これはあくまで贈与税の計算に用いられた当時の時価という考え方ですので、
所得税における取得価額とは関係がありません。

所得税の取得価額のルールに関しては、相続・贈与で取得した財産に関しては、最初に取得した取得価額を引き継ぐというのがルールになるため、今回はⅰの100円が、原則的な取得価額になります。

では何故今回ⅲの500円が正解なのかというと、
取得価額のルールには、「譲渡価額の5%を取得費とすることが出来る。」という特例が認められているからです。
今回のケースでは、10,000×5%=500円（概算取得費）＞100円（実際取得費）となるため、納税者有利となる500円を選択するという流れになります。

では上記を前提とした際に、何に最も苦労するかと言うと、今回で言うⅰの金額（当初の取得価額）が分からないという点になります。

単純に先代が出資を行い、そのまま贈与・相続された場合には出資額=取得価額とみなすため、計算は簡単なのですが、
例えば会社設立後に、増資を行っている、先代が他の出資者から株式を一部買い集めている、合併や株式交換を行っているなどの事実があれば、取得価額の紐解きは非常に複雑になります。

特に何世代も続いている会社であれば、その傾向は大きくなり、後継者も全容を掴み切れていないケースも多くあります。

取得価額が不明な場合にも、譲渡価額の5%を適用するというルールのため、
先代が高額で株式を買い集めている場合などは、不利に働くケースも多いです。

そのため、株式が移動した際には、しっかりその方法（贈与・相続・売買）と金額を記録しておくという作業が必要となります。

各株主毎の株式の取得費に関しては、組織再編を行う場合にも必要になるケースもありますし、
纏まった記録が整理されていない場合には、このタイミングで整理されることをお勧めします。